自主创新，是制定“十一五”规划的着力点；增强自主创新能力，是科技发展的战略基点，是调整产业结构、转变经济增长方式的中心环节。全面领会五中全会精神，紧密结合上海实际，我们要把紧紧抓住自主创新这一中心环节，作为上海贯彻落实科学发展观的实际行动和闪光亮点。
　　增强自主创新能力，是转变经济增长方式的中心环节。发展是硬道理，是执政兴国的第一要务，发展要坚持，观念要转变，模式要创新，质量要提高。我们应当清醒看到，我们的经济快速增长，在相当程度上靠激活要素能量和高强度投资，这种“财富驱动”的发展，在发展启动阶段不可避免、别无选择，但毕竟难以支撑未来发展。上海的未来发展必须走“创新推动”的路径，即依靠自主创新，转变经济增长方式，以创新带动跨越，在创新中实现攀登、提升、超越。总之，增强自主创新能力，是上海保持经济长期平稳较快发展的重要支撑，是上海调整经济结构、转变增长方式的重要支撑，是上海建设资源节约型、环境友好型社会的重要支撑，也是提高上海服务全国的能力、国际竞争力和抗风险抗波动能力的重要支撑。
　　增强自主创新能力，是上海实施科教兴市主战略的核心目标。上海制定科教兴市主战略，从一开始就确定了自主创新的核心地位。科学技术是第一生产力，创新是我们事业进步的灵魂和第一动力，日趋激烈的国际竞争，说到底是科技和人才的竞争，核心是自主创新能力的角逐。上海作为国内经济发展水平较高的经济中心城市，要能够代表国家参加全球经济的合作和竞争，同发达国家在经济上平等对话，就必须紧紧抓住中心环节，依靠提高自主创新能力来提高国际竞争力。提高自主创新能力，就要抓紧原始性创新、集成性创新和引进消化再创新，形成城市创新体系，铸造持续创新能力，走出一条有中国特色、上海特点的科技发展之路。
　　自主创新的主体是企业。目前在一些产业领域，上海企业的规模已经不小，在全国乃至国际市场上占据了相当份额，问题在于缺乏核心技术的“根”，缺乏自主品牌的“神”，缺乏自主知识产权这个核心竞争力。如果不改变这种状况，即便企业做大了，也可能是“泥腿巨人”，经不起风浪和冲撞，因此，上海相当一批大企业要补上“强筋健骨”这一课。对一个企业来说，只有创立和做大自主品牌，才有持续发展的生命力。企业创造价值的能力，主要不是看加工组装能力的高低，而是看配置资源和系统集成能力的大小，也就是说，要看自主创新能力。我们不能甘当“卖资源”、“卖产品”的三四流企业，而要争当“卖技术”乃至“卖标准”的一流企业，要在发明专利、知名品牌这些核心竞争力上下功夫，使上海的企业真正成长为自主创新主体。
　　增强自主创新能力，关键在于体制创新和机制创新。一是整合资源。上海有雄厚的科技力量，提高自主创新能力有得天独厚优势和巨大发展潜力，完全可以大有作为。要把上海“五路大军”的科技资源进一步整合，形成以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的科技创新体系，形成科技创新与经济发展紧密结合的成果转化机制，实现资金变技术、技术变资金、资金再变为更高技术的良性循环。二是明确目标。坚持有所为有所不为，面向国民经济主战场，抓住事关全局的战略性重大课题，确定科学合理的创新规则，集中力量，加大投入，并从政策上鼓励自主创新。三是重视人才。完善培养、聚积、激励人才和人尽其才的机制，为人才施展才华开辟空间、提供舞台，为人才的成长和使用提供机制体制保障，激发人才的创造性、主动性和积极性充分涌流，形成优秀人才脱颖而出、各尽其才的良好创新环境。